瓦莱特历任的黎波里的总督兼骑士团舰队司令后，在1557年当选骑士团团长。按博西奥的说法，瓦莱特就任后的头一个念头就是在塞伯拉斯修建一座新城。欧洲第一流的军事工程师巴托洛摺·金加不久即被请到马耳他设计新要塞。不幸他所设计的城市尚未动工，他就在马耳他去世了。塞伯拉斯工程并未因此停顿。十六世纪六十年代初，这一工程已在骑士团内部受到普遍支持。1562年，另一位著名的工程师鲍尔达萨雷.兰奇来到马耳他为新城制订修建规划。1563年获得教皇批准，有关财政，供应及工程设计等重大问题看来大体上都已解决。至于骑士团何以没有就此抓紧建设这座要塞，这就很难说了。1563年时，骑士们已经预感到土耳其人的进攻迫在眉睫。在这种形势下动工建设可能是危险的:如果土耳其人到来时要塞尚未竣工，势必要把修建了一半的要塞放弃给他们。此外，骑士团又苦于经费无着。十六世纪五十年代后一段时间里，骑士团的财政状况虽有所好转，但此时土耳其人对马耳他的威胁与日俱增，骑士们不得不什出大笔费用购置作战物资。苏里曼对骑士团施加压力，同时却在君士坦丁堡按兵不动，虽然事出无心，却使骑士团未能及时修建防御工事以巩固自己在马耳他的防务。

对马耳他施加压力的不仅是土耳其人，北非海盗在地中海西部也日益猖撅。长期以来北非沿海各国一直以海上掠夺作为自己的专业，而到十六世纪前半期，这一行业的组织更越来越严密。这一发展主要是巴巴罗萨弟兄所促成。他们来自米提利尼，十六世纪初开始以突尼斯为基地四出行劫。当1516年他们攻下阿尔及尔，并且挫败了西班牙派来的讨伐军时，这巴巴罗萨弟兄就成为一种巨大威胁。1518年其中之一丧了命，其后，剩下的名为赫尔丁的那一个，经过请求，取得了土耳其苏丹的认承与支持。从此以后，北非海盗已不仅是一伙为非作歹的匪徒，他们成了土耳其奥斯曼帝国向地中海西部推进中一股非常重要的力量。

土耳其的海上威胁以及北非沿海各国海盗的崛起，改变了马耳他的战略地位。对地中海中部海路控制权的争夺日益激烈，在这种形势下，马耳他成了关键性的要塞。

骑士们定居马耳他之后不久，苏里曼任命赫尔丁为土耳其舰队司令。1534年土耳其人在巴巴罗萨率领下蹂跋意大利南部，攻占了突尼斯。一年后，查理五世率领一支基督教大军再度攻克突尼斯。然而，土耳其人和海盗夺得的胜利却越来越多。1538年，土耳其舰队在普雷佛扎战役中获胜。1541年，一支基督教远征军侵袭阿尔及尔，也以惨败而告终。

法国准备与土耳其携手合作以便压倒西班牙，使得战略形势更趋错综复杂。法国与土耳其之间的协商，在十六世纪二十年代后期已经开始。1536年法兰西取得了土耳其奥斯曼帝国境内的通商特权。1542年法西战争爆发，土耳其舰队协同法国作战。1543年巴巴罗萨焚毁了勒佐城，在法国的土伦港度过冬天。在此种情况下骑士团处境微妙，因为它全力反对土耳其，而骑士团大部份成员的祖国法兰西这个基督教国家，却与土耳其奥斯曼帝国结下了“邪恶同盟”。没有什么材料证明法兰西骑士对骑士团的忠诚发生严重动摇，但在十六世纪五十年代初，有谣传说苏里曼向法国索取马耳他，这大概是因为他把教团误认为一个法国组织之故。