地理位置在马耳他历史上诚然是首要因素，但列岛资源的性质、幅员与地形，特别是海岸线的地形轮廓等基本地理因素也相当重要。就列岛资源而论，如果没有一强大的外国援助，马耳他就不可能在地中海中部起到重要作用。也正是由于资源和人口方面的局限性，形成了马耳他生活中的另一特色。马耳他这一簇小岛，由于资源贫乏，不可能成为大国的中枢要地，但对那些谋求在地中海中部建立势力范围的头等军事强国来说，却一直具有极大的吸引力。这就导致马耳他列岛连续受到外来霸主的统治，而这些人则在不同程度上为列岛绚丽多采的风光和社会发展作出了贡献。

总的来说，构成列岛的岩层结构犹如一个夹心面包。地层的盖层和底层都是坚硬的石灰岩，夹于两层之间的则是较为松软的岩层。自上而下，其地层顺序为:上层珊瑚石灰岩、绿沙、青土、抱球虫石灰岩、下层珊瑚石灰岩。抱球虫石灰岩层厚度大，质地松软，便于采掘，是岛上建筑用石的主要来源。这种石料的优点是一经接触空气便立刻变硬，不易风化。珊瑚石灰石较抱球虫石灰石更不易为海水侵蚀，适用于某些特定地区的建筑，特别是在滨海地带。在耶路撒冷十字军圣约翰骑士团统治期间，就曾大量采用这种石料修筑城堡。至于绿沙层和青土层则较薄，在某些小地区偶有露出地面之处。青土层面积虽小，但具有重大意义。不仅上边形成肥沃的土壤层，而且由于水分不易渗透，青土层和上复的珊瑚石灰岩相接之处往往发现充足的水源。它既是生活用水的来源之一，又是生产优质水果和蔬菜的富庶的农业区的灌溉基础，因此意义重大。

底层是珊瑚石灰岩地区，士壤层大多单薄，土质贫瘩:而在较为松软的抱球虫石灰岩上，通常却形成了较厚的土壤。

如上所述状似夹心面包的简单岩层结构，因断层作用而遭破坏(地表发生破裂，随之发生垂直或水平或二者兼有的断面位移现象称为断层)。马耳他岛西北部在一系列平行走向的断层作用之下，岩层震裂而形成连续起伏的山脊和沟谷。山脊受到侵蚀后所剥落的砂泥经流水冲刷，在沟谷中形成一层厚实的冲积土。在两个土质肥沃的沟谷之间，往往隔着一座寸草不生，坡面陡峻的石灰岩山脊，使这一带的交通异常不便。这些山脊沟谷在该岛东部伸延人海，形成巨大的海湾。这一地区偏处该岛一隅，交通阻塞，易攻难守，常遭掳掠奴隶和抢劫财物的海盗的袭击。实际上，这种骚扰在马耳他整个历史上始终是当地人民生活中的劫难，马耳他西北部就特别遭到这种威胁。

上述的断层中最大最南端的一个称为大断层，处处陡壁悬崖，有些地方高达二百英尺。这一巨大的地形变异乃是一处险要的天然屏障。因此马耳他人往往将防御工事集中修筑在大断层地带，而不在大断层北面的海岸线上设防，因为后者工程既艰巨，代价又高昂.这就使马耳他岛的西北部更加孤立，易受攻击。所以，尽管该地区土质肥沃，在动乱的年代，人们还是将它放弃。此外，象城垣一样拱卫着马耳他西海岸的连绵不绝的悬崖峭壁，主要也是由断层作用所形成的。

大断层南面和东面的地形，不象西北部山脊沟谷地带那么复杂。拉巴特一丁里台地覆盖着质地坚硬的上层珊瑚石灰岩，除了石灰岩已风化剥落，下面的青土层露出的地区之外，土壤一般都很贫瘩。台地南缘分割成无数的山谷，错落其间的山嘴，便于据险而守，为居民点提供了有利的地形。中古马耳他的首都英迪纳就建在这样一个山嘴上，从那里凭高眺远，大半个马耳他岛历历在目。马耳他岛其余地区大体上是一片自西向东渐渐倾斜的平原。可是，这片较为平坦的平原却为一些沟谷(马耳他语称为“威德”)所切割，其中多数具有相当深度。较为古老的马耳他城镇或村庄，多半座落在“威德”上面的山嘴上，这种特点非常突出。